黄巾起义爆发后，因为当时北方统帅卢植拒绝向灵帝派来巡查的宦官行贿，被诬陷免职，并且用囚车押回洛阳。因为董卓本人战绩辉煌，灵帝便派董卓代替卢植继续讨伐以张角为首的黄巾军，结果董卓不敌张角，被迫撤军，董卓也最终也因此被撤职抵战败之责。
隐忍的雄鹰
中平元年284十一月，在黄巾起义覆灭的前夕，凉州一带北地郡的先零羌和枹罕县的群贼反叛，拥立羌人北宫玉又叫北宫伯玉和李文侯为将军，杀死了金城郡太守陈懿，胁迫边章、韩遂入伙，共推举边章为首领。中平二年285边章和韩遂以讨伐宦官为名，率领大军进军洛阳，直逼长安，甚至打到了皇室的园陵一带，朝廷面临了空前的威胁。
为了抵抗边章和韩遂，汉灵帝调动了一切可以调动的力量，董卓也因此被恢复中郎将的原职，并且被拜为破虏将军，和司空张温、执金吾袁滂、荡寇将军周慎等率领十数万骑兵和步兵讨伐边章和韩遂。
双方在美阳一带初次交锋，官军不敌占据了下风。但汉军根据董卓的建议据地固守，由于叛军是劳师远征，时间一长士兵们纷纷想回金城，军心不稳，董卓则趁机和鲍鸿等人合兵进攻，大获全胜。随后汉军分为六路进攻出征陇西讨伐边章、韩遂，董卓、周慎等人各率一路。但由于盲目深入敌境，粮草跟不上，援军也无法及时赶到，反而叛军越打越多，官军都逐渐被包围，粮草也几乎消耗殆尽，董卓等人都陷入了巨大的危机之中。
但沉着老练的董卓并没有惊慌，他在被叛军包围之后，命令士兵在河中筑坝，截断上游的流水，然后整天在坝中捕捉鱼虾。那些叛军将领便认为董卓军粮已经耗尽，只需要在包围一段时间董卓的军队便不战自溃了，于是他们渐渐放松了下来。结果，董卓利用他们的松懈轻松带军突围，叛军过了很久才发现，当他们想要追击时，也因为河水太深而无法渡河了。最终六路大军只有董卓的军队完好无损，董卓也率师在突围后驻扎在扶风郡，董卓因此被封为台乡侯，后来还调任并州牧。
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