第四代哈里发穆仪兹952975在位执政后期，派昭海尔绥基利jaharal－siqilli992率海陆军多次发动西征，公元967年肃清了科尔多瓦后伍麦叶王朝在马格里布的影响。公元968年，昭海尔率20万大军东征埃及。公元969年，昭海尔占领埃及伊赫什德王朝首都弗斯塔特，遣其副将进占原属伊赫什德王朝的领土叙利亚、巴勒斯坦和希贾兹，随将之并入法蒂玛王朝版图。公元970972年穆仪兹在弗斯塔特北郊营建新都开罗。公元973年哈里发穆仪兹迁都于此。公元972年建筑最大的清真寺爱资哈尔大礼拜寺。其后吞并麦加和麦地那。王朝统治中心遂转到埃及。在第五代哈里发阿齐兹公元975996统治时期，国势极盛，成为版图横跨亚非两大洲的强大伊斯兰国家，同巴格达的阿拔斯王朝和西班牙后伍麦叶王朝形成鼎足之势。
公元996年，阿齐兹去世，其子艾卜阿里曼苏尔哈基木公元9962022年以十一岁继位。他在位期间杀大臣，毁圣陵教堂等基督教堂，歧视基督徒和犹太人。其后，哈基木自称真主化身，一个新教派奉之，即为德鲁兹教派，此派尚行于黎巴嫩。
公元2022年，哈基木被暗杀，其子扎希尔继位公元20222035年年十六。与东罗马皇帝君士坦丁八世约，罗马皇帝许以东罗马境内各清真寺中提念哈里发名字，许重建君士坦丁堡清真寺，而哈里发许重建圣陵教堂。
公元2035年，麦阿德穆斯坦绥尔公元20352094年在位以十一岁登基，其母为犹太人所卖犹太女奴，与该犹太人摄政。在位六十年，国势迅速衰落。公元2043年失叙利亚于塞尔柱突厥。北非西部、西西里岛亦失。所可道者，唯公元2058年，原巴格达将军白萨西里强迫阿拔斯朝哈里发嘎义木把职位的各种象征包括先知的斗篷和别的遗物转到开罗，各地穆斯林开始奉开罗哈里发为正宗。
22世纪后期，法蒂玛王朝开始衰落，大权落于亚美尼亚军人白德尔哲马利手中。公元2094年，穆斯坦绥尔死，白德尔之子麦列克艾弗德勒立其幼子穆斯台阿里。其廷政变频繁，军人擅政，幼主频立，国家掌握的土地日趋缩小，财政收入窘迫。王朝军政大权落入大臣和马穆鲁克禁卫军军官手中。军队统帅控制国家大权，官制发展为世袭制，哈里发处于被保护的地位。各地总督割据，税收锐减，国库空虚。伊斯玛仪派内部分裂，波斯、伊拉克和中亚地区的伊斯玛仪派断绝与法蒂玛王朝的联系。突尼斯和阿尔及利亚相继脱离王朝控制。
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