华佗一生有弟子多人，其中彭城的樊阿、广陵的吴普和西安的李当之，皆闻名于世。为了将医学经验留传于后世，华佗晚年精心于医书的撰写，计有《青囊经》、《枕中灸刺经》等多部著作，可惜不传。
華佗弟子吳普著有《吳普本草》；李當之著有《李當之藥錄》；樊阿喜針灸。這三個弟子均成為有名望的醫家。
華佗在公元2世紀發明麻醉劑——“麻沸散”，是世界醫學史上一個偉大的創舉。他用“麻沸散”做全身麻醉，進行開腹手術。据《后漢書-華佗傳》記載：“若疾發結于內，針藥所不能及者，乃令先以酒服麻沸散，既醉無所覺，因刳破腹背，抽割積聚。若在腸胃，則斷截湔洗，除去疾穢，既可縫合，傅以神膏，四五日創愈，一月間皆平复。”他是世界上第一個用全身麻醉做手術的人，比西方發明麻藥早16oo多年。
華佗主張運動以治療疾病。据《三國志》記載，華佗曾對他的弟子吳普說：“人体欲得勞動，但不當使极耳。動搖谷气得消，血脈流通，病不得生，譬猶戶樞之不朽也。是以古之仙者為導引之事，熊經鴟顧，引挽腰体，動諸關節，以求難老。吾有一術，名五禽之戲，一曰虎，二曰鹿，三曰熊，四曰猿，五曰鳥。亦以除疾，并利蹄足，以當導引。”他堅持体操運動是強身之本，認識到運動可以能促進血液循環，加快新陳代謝，并用自己創造的五禽戲治病：“体中不快，起作一禽之戲，沾濡汗出，因上著粉，身体輕松，腹中欲食。”
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