到一九四六年五月份，荷兰的军队已经达到了五万人，英国军队开始逐步撤出，由荷兰军队接管英军占领区。到了七月份，荷兰军队的总数达到了七万人，盟军东南亚战区司令部把所占据的原荷属东印度领土完全移交给了荷兰政府。
这样，除了南洋国实际控制的婆罗洲和苏门答腊，以及印尼共和派控制的爪哇和马都拉以外，荷兰人在东印度群岛其他地区都负起了军事责任。但在爪哇荷兰人只占据着些大城市作为桥头堡，即便在其他岛屿，也经常生敌对行动；在爪哇，更是几乎每天都出现同共和派游击队的零星冲突。
七月十六日，荷兰派来的副总督范默克在望加锡附近的马利诺召开一个大会，由来自婆罗洲、苏门答腊、西里伯斯、摩鹿加群岛、小巽他群岛等地的代表参加。爪哇和马都拉被排除在被邀请名单之外，理由是那些岛上的局势使人们不可能自由地表达他们的意愿。
范穆克这次行动的幕后意图是要建立一个敌对组织，以便使人看来印度尼西亚共和国不是印度尼西亚民族主义唯一的代表。马利诺会议主张建立一个联邦国家，取名为“印度尼西亚合众国”，由四个成员国组成，即爪哇、苏门答腊、婆罗洲和大东（即西里伯斯、摩鹿加群岛和小巽他群岛）。印度尼西亚合众国“为建立政府机构，还需要有一段同荷兰王国合作的时期，如果没有这样一个阶段，印度尼西亚合众国就不可能就荷兰和印尼未来的关系应在什么基础上继续展这一问题作出一个自由和独立的决议。”
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