双屿港，这个倭寇的最大窝点被端掉了。朱纨似乎松了一口气，但是朱纨立刻想到了一个新问题：怎么样来处理双屿港呢？朱纨曾经想过把倭寇赶跑以后，把双屿港建设成一个明军水寨，用以驻扎军队，设立海防机关。如果这样当然是好的，对外可以防止倭寇以此出作为窝点，对内可以作为温州的东部屏障。但是通过与众将领商议，将领们提出了许多不同意见，将领们认为，双屿港四面都是大洋，形势孤立，难以作为军事据点驻守，不如把它毁了。朱纨想也有道理，于是命令将双屿港港口的通航水道用石头填塞了。双屿港南北有六横岛和佛都岛，两个小岛上多石头，明军派出两千多名官兵，将六横岛和佛都岛上的石头用战船装运到双屿港，将双屿港南北水道填塞了。从此，双屿港成为史书上记载的商贸港口，而真实的双屿港已经变成了“死港”。
朱纨处理了双屿港的后事，得到消息说，双屿港幸存的倭寇已经逃跑到南麂和大担屿等处。朱纨命令卢铛等将领水师向着南麂和大担屿等处海域追赶，务必全歼在逃倭寇。
前面已经说到，在明军攻打双屿港的前两天，日本的松浦隆信男、辛五郎、稽天新四郎、武藤源六郎、织田信义和中国的王直等人带着六百名以日本人为主的队伍去了永宁，企图在永宁大捞一把。虽然由于日本的松浦隆信男、辛五郎、稽天新四郎等人带走了六百人，使倭寇在双屿港的军事实力大为减弱，对明军攻打双屿港很有利，但是由于永宁的卫所官兵都被调出投入在海上拦截从双屿港逃出的倭寇，导致永宁几乎成为一座空城。当六百名倭寇杀入永宁城中，永宁的老百姓遭殃了。
却说永宁城内有一排水入海的渠道名叫“水关沟”，沟长一百七十丈，宽六尺，深七尺，水沟上面用石板覆盖。倭寇攻入城内后，在城内大肆烧杀抢掠。处于对老百姓的报复，倭寇在永宁城中见人就杀。老百姓无处躲藏，想起那排水沟在隐蔽处，都纷纷钻入排水沟躲藏，想不到排水沟被倭寇发现，于是杀红了眼的倭寇揭开覆在排水沟上面的木板，见人就砍，数万躲在沟内的居民全部被杀死，永宁城中尸积如山，血流成河。这是永宁历史上最大的惨剧。
倭寇在永宁城中大肆烧杀抢掠之后，带着大捞了一把的满足离开了永宁。他们准备回到双屿港后大吹大擂一番，想不到在回来的路上碰到了从双屿港逃出的人，告诉他们双屿港已经被明军毁灭了，双屿港的弟兄死了一千多人，现在已经无法再回双屿港了。于是六百名倭寇驾船向着女儿礁方向行驶。
虽然朱纨捣毁了双屿港，但是朱纨这时候也开始感到了一种无形的压力，这么大的一次针对倭寇的军事行动，闽浙地方的卫所为什么没有多大反响呢？即没有对双屿港的被捣毁表示称赞，也没有积极响应的态度。作为担任警戒海防的温州当地卫所，一部分卫所官员甚至对双屿港战事迟迟不予 报告，还有相当一部分温州卫所官员和担任着海防重任的官员甚至对双屿港战事隐瞒不报，这些现象都反映出严重的问题。更为严重的是，一些地方官甚至散步流言蜚语，恫赫支持攻打双屿港的官员。
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