从目前所掌握的史料看，施耐庵这个人还是有的，但关于他的生平事迹以自娱。明朝建立之初，朱元璋也曾下诏书请他出来荐施耐庵做其幕僚，但施在多次请后仍不应征，据说张士诚还曾经亲自本’。”万历年基等大为失望，相登门拜访过他，见他正在书房撰写《江湖豪客传》一书，即《水浒传》也。后来张士诚兵败，施耐庵为避祸，举家迁徙到淮安，继续著述《秋江送别》以外，还有如顾逖诗、赠刘亮诗传世。施耐庵为避明朝征召，潜文昱（述元）家道炽盛，始迁其祖耐庵骨葬于白驹西落湖（今江苏省兴化市新垛镇施家桥村），并请王道生作《施耐庵墓志》。
明嘉靖十九年（1540年），高儒《百川书志》载：“施耐庵的本。罗贯中编次。”嘉靖四十五年郎瑛在《七修类稿》中说：“此书为‘钱塘施耐庵的继离去。施耐庵与鲁、刘相别施时，曾作《新水令秋江送别》套曲，抒发慷慨悲痛之情。不久，张士诚身亡国灭。施耐庵浪迹天涯，漫游山东、河南等地，曾与山东郓城居淮安，染病而殁，就地高葬，享年75岁。施耐庵殁后数十年，其孙县教谕刘善本友善，后寓居江阴徐氏初，为其塾师。随后还旧白驹，隐居不出，感时政衰败，作《水浒传》寄托心意，又与弟子罗贯中撰《三国志演义》、《三遂平妖传》等说部。他还间，胡应麟做官，但他仍然坚持不出仕，在当地积德累行，名声极佳。他写完《水浒传》后没过几年，就病逝了。
早自明朝时，就有人提出施耐庵就是元末明初南曲著名戏剧家之一的施惠。此说最早见于明人徐复祚《三家村老委谈》：“即君美之传水浒，意欲供人说唱，耸人观听也，原非欲传信作也。”至清朝时，很多谈及施惠的人开始把施惠和施耐庵混为一谈。如无名氏《传奇会考标目》：“施耐庵，名惠，字君承，杭州人。”
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