翰林参预政治的方式是通过内阁。内阁位于文渊阁，初时的大学士一般由翰林官员担任，后来连六部官员也有以翰林充任的。翰林品秩虽低，却是显贵的官职。虽为五品，宴祀时可以坐到四品官员之上。
朱棣篡权后，开始重用内阁，而翰林院逐步与内阁分开，权力被削弱。宣德年初，内阁分为东西两房。西房为“能书者”之处，称为“西制敕房”；东房由学士等制订敕令的人组成，称为“东诰敕房”。正统七年，在文渊阁外另造翰林院，等闲者不得入文渊阁。这样，翰林院与文渊阁分离，翰林学士已不能查看诰敕，改由内阁掌管。此后制订诰敕等机密大事全由阁臣操办，翰林院已无法干预。即使如此，内阁重臣仍皆出身翰林。
明代翰林院官员具有两重意义：其一，作为参预机务的内阁成员。内阁成员称大学士，因而内阁与翰林院为一而二，二而一的机构，这是清制只有翰林出身者才能入阁的由来。自明宪宗成化（公元1465——1487年）以后，不但内阁，就连六部长官也有定例以翰林官充任的。据《明史·职官志二》载：“其在六部，自成化时，周洪谟以后，礼部尚书、侍郎必由翰林，吏部两侍郎必有一由于翰林。其由翰林者，尚书则兼学士（六部皆然），侍郎则兼侍读、侍讲学士。其在詹事府暨坊、局官，视其品级，必带本院衔（詹事，少詹事带学士衔，庶子，谕德，中允，赞善则带侍讲、侍读学士以至于编修、检讨等衔）”。其二，明代的翰林院包括前代的秘书监、史馆、著作局、起居郎、舍人等职；因此，这些官名均已废除。事实上连这些官的职务也废除了，有时不过作为装点门面而已。
明代的翰林学士掌制诰、史册、文翰之事，以考议制度，详正文书，备天子顾问，其职位颇为清要。《明史·职官志二》说：“大政事、大典礼，集诸臣会议，则与诸司参决其可否，车驾幸太学听讲，凡郊祀、庆成诸宴，则学士侍坐於四品京卿上”。因其常在帝侧，“备天子顾问”，颇能左右朝政，也可干预官吏的黜陟，所以特受尊崇，虽品列第五，侍坐则在四品京官以上。侍读、侍讲掌讲读经史。
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