隆庆三年〔1569年〕九月，闽广另一盗魁林凤率船18艘进入海南清澜骚扰；万历二年〔1574年〕四、五月间，林凤又率120只巨舰，攻占清澜，当地千户率兵抵御，结果伤亡兵民竟达2000多，嗣后援军赶到，他们才从容撤退。同年冬，林凤转入彭湖、台湾，还转战吕宋，攻打马尼拉的西班牙驻军。另一海中巨魁林道乾，原为吴平一伙，他主要是活动于闽广及印度支那各地，也时常到海南骚扰。如万历六年〔1579年〕，林道乾“至琼崖，迂闽中转谷舳舻，乾乃掠其金银，及男妇二百人而去”。
从嘉靖至万历前，骚扰海南严重的主要是外来海寇，而盘踞本岛的海贼以隆庆初年〔1568年〕兴起的李茂一伙为甚。李茂为琼山小林人，幼年时曾被海寇劫掠而贩至外地，后返海南加入林容一伙。隆庆初，李茂已多次寇掠澄迈、文昌、崖州等地。据崖州志载：“隆庆五年五月，海贼李茂，率众南下，寇崖州”，直到“六年闰二月，李茂率大舡离崖而去”。后来他又侵犯万州，入博敖港，攻击乐会、会同等地。其时又有海寇许万载入侵临高等，海南形势十分严峻。朝廷特命福建巡抚金事许孚远率兵围剿。此时李茂假意向政府乞降，表面协助征讨正在侵入临高的许方载等，实际却不断扩充实力。李茂在海南势力发展很快，仅几年便已成了“广东群盗所视以为高下者也”的巨魁，甚而具有“操戈一呼，群舰响应”的巨大威力。李茂的海盗活动，主要是从事亦商亦盗的珍珠贸易。其时海南出产小珍珠，质量甚高，成为东南亚市场中的畅销物品。珍珠贸易为李茂一伙赢得巨额财富，据崖州志所载:“三亚坡瘗银累累，常为行人所得，相传为茂瘗云”。可能是李茂在占据崖州后，曾经在三亚坡一带埋藏大量白银。后来李茂被招安，更利用职权，大肆盗取珠池。
万历十七年〔1589年〕正月，总督刘继文发兵征讨，虽然李茂被擒，但其余党却“扬帆入海，袭破清澜城，又犯万州、陵水，毁民居及兵船商舶”。虽然明廷以强大兵力歼灭了李茂一伙，但海南海盗活动并未平息。仅崖州一处，万历三十一年〔1603年〕二月，有贼突入大蛋港，烧毁兵船二只，劫掠民财。直到崇祯十五年〔1642年〕，闽人林八等作乱，不仅攻劫崖州港番人塘等村，甚至崖州州守瞿罕亦在途中遭林八伏劫。
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