萨迦派在显教方面注重经论的翻译及辩经。显宗方面有两个传承，一个倡导唯识见，传授法相学；一个主张诸法性空，传教中观应成学说。密教方面有萨迦十三金法（《十三种不越外围之金法》），“道果法”是最独特的教法。“道果”法认为，修习佛法有三个层次。第一个层次是舍去“非福”（“恶业”、做坏事）。专心于行善，来生即可投生三善趣之中。第二层次是断灭“我执”（“我执”指执于一切有形或无形的事物）。“我执”一断灭，烦恼苦痛便无从生起，人也可从流转轮回的痛苦中得以解脱。第三层次便是除去“一切见”。一切见指“断见”（指片面解释“宇宙万物皆非实有”）和“常见”（指一般人的见解）。萨迦派认为，要防止“断见”、“常见”，走中道，这样才能达到智者的境界。
萨迦派对藏族文化的发展有重要贡献，元代帝师达玛巴拉在北京召集藏、汉、印度、北庭名僧用梵文原本对勘藏汉文佛教大藏经典，历时3年撰成《至元法宝勘同总录》。这为《藏文大藏经》的编定和刻印打下了基础。萨迦寺至今仍是藏传佛教中藏书最为丰富的一座寺院。另外，萨迦派于1550年在四川德格贡钦寺设立了德格印经院，是藏区最著名的印经院。专门刻印藏传佛教经书、历法和医学等千多种典籍，对保护和弘扬佛教起了重要作用。
噶举派
噶举派是藏传佛教支派最多的教派。“噶举”（bkav－rgyud），藏语意为“口授传承”，谓其传承金刚持佛亲口所授密咒教义。创立者先后有两人。一是琼布朗觉巴（khyung-po-rnal-vbyong-pa,990—1140），一是玛尔巴译师。因该派僧人按印度教的传统穿白色僧衣，故称为白教。
这一派支系众多，有达波噶举和香巴噶举两大传承。达波噶举系统的创始人是达波拉结，但渊源却可以追溯到玛尔巴、米拉日巴师徒。达波拉结是米拉日巴的上首弟子之一，1121年在达布建冈布寺，收徒传法。他融汇噶当派的《道次第》和米拉的《大手印》教授，写成《道次第解脱庄严论》，逐渐形成独特的风规，而成“达布噶举派”。后来，达波拉结的众多门徒发展出更多的支系，通常有“四系八支”之称，遍布于藏区等地，至今未衰。达波噶举中的帕竹噶举、噶玛噶举的上层曾受元、明两朝册封，相继执掌西藏地方政权。格鲁派兴起后，噶举派中仅有止贡、噶玛、达隆、主巴四支系保有一定势力。香巴噶举系统的创始人是琼波南交巴，故也称琼布噶举。因琼波南交巴在后藏的香地区（shangs）广建寺庙，传法讲道，故称“香巴噶举派”。
噶举派主要寺院有西藏墨竹工卡的止贡寺、四川德格的八邦寺等。
噶举派主要学说是月称派中观见，重密宗，采取口耳相传的传授方法，曾融合噶当派教义。修习上，噶举派注重修身，主修大手印法。大手印有显密之分。显教大手印为修心法门，修的是空性大手印，它要求修行者心住一境，不分别善恶美丑，以得禅定。密教大手印为修身法门，密宗大手印则以空乐双运为道，分实住太平印、空乐大平印和光明大手印等。大平印修身的方法有四种，最主要的目的是通过对人体呼吸、脉、明点（心）的修炼，而达到一种最高境界。
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