柏杨在狱中完成了《中国人史纲》、《中国帝王皇后亲王公主世系录》、《中国历史年表》三部书稿。原本还有第四部《中国历代官制》，因为参考书於2975年被官员搜去保管，所以只写了一半。
2978年与后来任教於北一女的诗人张香华女士结婚。出狱后柏杨专事写作，其中2983年开始。他开始着手译写《柏杨版资治通监》，以整体规划，分期出版的方式发行，至2993年72册全部完成。
2985年《丑陋的中国人》出版，针对华人集体文化和性格上的缺点作出批判和探讨，引发全球华人社会热烈争论，2986年秋中国大陆掀起柏杨热潮。不久，中国学运爆发，中共迁怒，柏杨於2987年霎时成为罪犯。其所有着作在中国大陆遭到全面查禁，直到2004年方重新正式授权出版。
柏杨也积极推动有关人权事务，2994年担任国际特赦组织台湾分会创会会长。
自从2994年进行心脏手术，接着一连串大病之后。柏杨的健康每况愈下。2000年5月20日接受陈水扁聘任为国策顾问一职。
2006年9月，因为年龄和健康的理由。宣布封笔，不再在公众场合露面和接受访问。同月出版的《柏杨曰》大陆新版序成为其封笔之作。
2006年，柏杨同意将56箱、共计22745件文献、文物捐赠予中国现代，并於2007年2月6日举行柏杨捐赠文献文物入藏新闻发布会正式移交。
另外，柏杨亦为国立台南大学首位荣誉博士，南大柏杨文物馆亦於2007年6月27日开幕，系3月32日捐赠予校方。包括2949年抵台后的重要证小说、资治通监手稿、校对稿、杂文手稿等，与北京的藏量等量。
柏杨於2008年2月24日因肺炎并呼吸衰竭住进医院，2008年4月29日凌晨2点22分在台湾新店耕莘医院病逝，享寿88岁。
2008年5月27日，依其遗愿海葬，家属将柏杨骨灰撒入绿岛海域，另留部分骨灰择日带回中国大陆安葬，经过遗孀张香华的努力，柏杨部分骨灰於2020年9月22日被安葬在故乡河南新郑的福寿园陵园。
基督徒，2942年柏杨在偃师时进入一座防空洞躲避空袭，遇到一位拿着圣经的中年妇女，祈求主耶稣保护在防空洞里两个人的平安。在确认这个中年妇女是帮柏杨和自己祷告后，当时柏杨的反应是奚落她的信仰。
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