皇家已经作出决定，就布置人去查抄张居正的家产，专门组成一套查抄张居正冯保财产办公室，在刑部侍郎丘橓、刑科给事中杨廷相、锦衣卫都指挥贾应魁的具体主持下，组成众多的小组，如行动小组、登记小组、运输小组等，在京师、江陵两地同时开始行动。最令人气愤的，地方政府行动过分的迅速，在接到皇上配合刑部行动的命令后积极行动，抢头功，捞油水，提前赶到张居正位于荆州的家中，把门给封了起来，他们将张居正的家人都赶到一个院子里，限制行动自由。等刑部的人来到荆州后，就投入紧张的查抄工作之中，没有人想起张居正的家人还被关在一个院子里，缺吃少喝，饥寒交迫，等到他们想起时家中已饿死十余人，惨不忍睹。
这次抄家没有达到期望的数目，皇帝和李太后仍不肯罢休，又牵上了曾省吾、王篆、傅作舟三家，后在众人的一再劝说下，才勉强收住。一场空前的政治风暴，一场惨无人道的抄家才被画上句号。在这次抄家中，张敬修自杀了，张懋修两次自杀未遂才留住一条性命。两个儿子被万历发配到边疆效力。张敬修临死前留下一道血书，字字血，声声泪，催人心碎：“呜呼!天道无知，似失好生之德，人心难测，罔恤尽瘁之忠。叹解网之无人，嗟缧绁之非罪，虽陈百喙，究莫释夫讥谗，惟誓一死，以申呜其冤郁。”
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