故刘肇基下令控制所有岛上船只，严格封锁水道，并派出大量细作往来北岸，探查敌情。
任思齐给第三镇的任务是游击在常州镇江一带，并负责救援江阴义民。而靖江县作为江中岛屿，对拥有大量船只的第三镇来说是很好的根据地。以靖江为基础，可以派出军队沿江而上，袭掠常州镇江。不过考虑到靖江岛距离长江两岸的距离太近，容易受到清军的两面夹击，以之为短时间的根基尚可，若是有大批清军来袭的话，很难防守得住。
刘肇基在完全控制了靖江之后，立刻派人去和南岸江阴取得联系。而对江阴城来说，崇明军的到来可谓是一场及时雨。
自从闰六月一日举义以来，江阴义民在陈明遇等人的带领下已经坚持十多日，四乡百姓纷纷响应，并全歼了常州知府宗灏派来的三百清兵。然而陈明遇等人知道，更多的满清军队会被陆续派来，来镇压江阴义民。现在大半个大明都被满清占据，大明朝廷也已经覆灭，小小的江阴在八旗兵铁蹄之下根本不值一提，可是义之所至，虽死不悔！为了头上之发，为了不沦为蛮夷，死又算得了什么？在开始举事那天起，陈明遇就想过了自己将来可能的遭遇，可是他全然不怕。
可是虽然自己不怕死，陈明遇却不愿满城百姓陪着自己一起死，既然决定举义，就要设法取得胜利，所以这些时日以来，陈明遇一边和其他义军首领一起组织全县义民，排查奸细，训练军队，征募粮饷，打造军械，一边积极派人联络各方明军，寻求支援。
距离江阴最近的明军有两部，一部就是崇明军，另一部则是淞沪副总兵吴志葵和镇东伯黄蜚部，陈明遇派人向这两部进行求援，没想到求援的人出发还没有几天，就传来了崇明军攻下靖江的消息，这让陈明遇大喜过望，当即派人携带重礼乘船前往靖江，邀请崇明军入城。
刘肇基便派出了营正沙千里带领一千士兵进入江阴城，协助陈明遇防守江阴，自己却依然带领着大部分军队留在靖江。
此时江南各地先后乱起，苏松常各府都有义民反清，而江南八旗兵的主力一半镇守在南京，另一半则在杭州，面对汹涌而起的抗清浪潮，驻扎在南京的满清豫亲王多铎调派兵力镇压各处叛乱。可是偌大的江南，仅凭多铎手中的兵力根本无法兼顾，只得下令集中主力沿着运河先平定苏州的叛乱，确保运河一线不失。至于偏僻的江阴等地，就由地方官吏自行镇压。
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