历史对奢崇明的平叛用了将近十年，主要原因一方面奢崇明实在狡猾，已有风吹草动这家伙逃掉了，另一方面是平叛的明军人数太少，每次打的都是击溃战，虽然每次都胜利了，但是奢崇明都没有伤筋动骨，都还有再战的能力，以至于奢崇明在四川搅得乱七八糟，民不聊生。到后来张献忠入四川，杀得四川血流成河，跟奢崇明叛乱有一定关系，叛乱的时间太长，四川的人力物力损失惨重，以至于到清朝初期才有了“湖广填四川”的人口大迁移。
朱有孝决定这次来个一劳永逸，先设置一个大的包围圈，这个包围圈由孙承宗负责，调集贵州、陕南、湖广临近四川的几个省的兵力，一边进兵，一边练兵，不要急于进攻，只是缓缓地包围去，这在策略叫做温水炖青蛙。为此，朱有孝从内库拨付白银四百万两，从户部拨付白银四百万两，由湖广负责筹集粮食。湖南负责南方面湖南、贵州部队的供给，包括所有粮食、武器等所有物资，湖北则负责北方面部队的物资供给。朱有孝严令各部不许扰民，既然朝廷拨付了钱财，必须严格按照公平的价格买卖，凡无故扰民者必将严惩。
朱有孝为此召来内阁和六部尚，现在内阁成员变化了不少，孙如游功成身退，致仕回家养老去了，朱有孝还给他加了衔，他走得很高兴。方从哲则是因为东林党御史的弹劾，为了自保也请求致仕，朱有孝在他请辞了两次之后，也加了衔，让他高高兴兴的回家养老去了。然后叶世高再次担任了首辅，韩爌还是次辅，孙承宗则是内阁大学士兼任兵部尚，徐光启是内阁学士，还有刘一燝，新进的朱国桢。其他是户部尚朱国祚、吏部尚周嘉谟，工部尚宋应星、礼部尚孙慎行、刑部尚王纪等。
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