葡萄牙人很快就开始计划继续从海陆探索中国沿海，寻找传说中的秦人。由于《马可波罗游记》在欧洲的巨大影响力，此时西方人脑中幻想的中国是一个遍地黄金的富庶宝地，所以到中国进行贸易往往成为伟大目标。随后的几年里，葡萄牙人以马六甲为基地，陆续向南探索了摩鹿加群岛等香料产地，向北抵达了泰国。他们发现，泰国人和一些南洋小国因为属于明王朝的藩属国，所以可以与明朝进行合法的贸易往来，并且也由于地方官的逐渐纵容，已经可以不按明朝规定时间朝贡，随时到广州进行贸易。于是马六甲当局便派出了几个商人代表搭乘泰国人的船第一次抵达了他们朝思暮想的中国，并在今天广东珠江口的屯门岛上竖立一座发现碑。这些探索者在完成贸易之余，也传回了关于中国的初步报告，巨额的贸易收入更让马六甲当局坚定了开发中国贸易的决心。正是有了这层铺垫，远在里斯本的葡萄牙国王曼努埃尔一世亲自下令，组织一支船队去中国，并派出了欧洲历史上第一位驻中国大使皮雷斯。
在接到国王的新命令后，皮雷斯带着葡萄牙国王给予的致明朝国书和赠送给皇帝的礼物，走马上任。一支由费尔南•佩雷兹•德•安德拉德率领的船队奉命护送这位大使前往中国。船队于正德十二年年抵达广东珠江口，除了途中与一伙中国海盗交火外，并无什么麻烦。船队在珠江口与明朝水师的船队打了照面后，随即在靠近广州城外时，并且出于善意鸣炮示意，惊动了当地官员。之后皮雷斯大使及属下便在地方官的安排下，在广州住下，一方面需要让他们学习中国礼仪，一方面也是要向远在京师的朝廷禀报，等待明朝皇帝的接见。
由于广州的外宾接待场所有限，且葡萄牙之前与明朝素无来往，不属于朝贡国，所以明朝官员不希望葡萄牙人大量滞留在广州。于是船队及大部分人退到了珠江口的屯门岛，并且在岛上建立了自己的临时据点。完成任务的安德拉德便率领西洋大帆船返回马六甲，只在岛上留下了数量不多的葡萄牙人。
正德十五年一月，驻华大使皮雷斯通过多方贿赂，终于获准带着自己的中国翻译火者亚三及若干随从由广州出发，并于五月赶到了南京。武宗皇帝当时正在南京，让皮雷斯等人跟随自己一同返回京师，并在进行接见了皮雷斯等葡萄牙人。从此，两国间贸易往来开始了。三个约后，武宗皇帝驾崩，朝中大臣们处死了火者亚三。皮雷斯一行人被朝廷下令逮捕，押解回广州关押。此时留在珠江口的葡萄牙人已经由安德拉德的兄弟西蒙.安德拉德接替指挥，他为了防御中国沿海频繁出没的海盗而在屯门岛上建立了小规模的防御工事。随后，几艘带有葡萄牙人的泰国船陆续从南洋赶来，又被明朝地方官拒之门外，双方的冲突已经到了激化的边缘。新继位的明世宗嘉靖皇帝在满朝愤怒大臣的怂恿下，下令驱逐葡萄牙人，禁止他们继续来华贸易，并要求他们退出马六甲。接着发生了广州当地守军进攻在屯门岛葡萄牙人的事件，葡萄牙人被广州当地守军赶出了屯门岛，逃回马六甲。
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