打又打不过，买卖也做不成，怎么办呢？于是葡萄牙人想出了一条路子——走私，你大明帝国不给我们发财的机会，我们就来暗的。于是葡萄牙人就开始在中国沿海干起了海盗的勾当。
葡萄牙人鬼点子多，搞海盗活动需要有合适的基地，于是葡萄牙人看中了双屿港。葡萄牙人试着在双屿港住下来，通过给温州地方豪绅富商一些甜头，葡萄牙人居然在双屿港站稳了脚跟。于是他们开始在双屿港搞建设。在陆续约二十年中，双屿港成为了一座新兴的“港口城市”，有一千多座建筑，其中包括两所医院，六七栋教堂，有一千多葡萄牙人常年居住在这里，加上日本人、葡萄牙人、暹罗人、婆罗洲人、琉球人和中国商人，岛上已经住有三千多人了。
在葡萄牙人在双屿港搞得红红火火，日本的浪人也纷纷云集于这里，中国沿海的不法商贾也在这里从事非法贸易。这样一来，日本、葡萄牙和中国三方走私在这里兴盛，港口出现畸形繁荣，入夜灯火通明，船只多到无处停泊。最有名气的倭寇有日本浪人松浦隆信、坂本伊文、伊东、近藤加、武藤源六郎、织田信义和海盗金子老、李光头、许栋、王直等都在这里大发其财。
虽然沿海的大明朝廷官员们不断向朝廷反映情况，要求铲除双屿港这个走私基地，这个海盗的自由王国，这个滋生倭患的毒瘤，但是朝廷迟迟下不了决心，因为阻碍太多，沿海的地主豪绅、地方官员都成为了双屿港的庇护者。而沿海的地主豪绅、地方官员与大明朝廷的高官们有着千丝万缕的联系，丰厚的利益使少数朝廷高官在利益的秤杆上滑向保护双屿港一边。一旦朝廷有什么风吹草动，他们都能及时通风报信，确保双屿港的安全。于是，沿海各卫所的官兵们窝囊啊，倭寇为患看得到，但是奈何不了。打又打不赢，追又追不了。朝廷为什么不采取有效措施啊，他们哪里知道，这都是官匪勾结造成的局面啊。
朱纨了解到这些情况后，下决心捣毁双屿港这个走私、海盗、倭寇的窝点。
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