那使者早就受了赵高胡亥等人的指使，只在一旁不断地催促。扶苏一向仁孝，哪里还去想是真是假，悲伤地说：“君要臣死，父要子亡，还有什么好请求的呢？”言罢挥剑自杀。
蒙恬不肯不明不白地就死，使者便将他囚禁在阳周（今陕西子长县北）兵权移交给副将王离，又安排李斯的亲信为护军，这才回去复命。
胡亥听说扶苏已死，心中大石落地，就有释放蒙恬的念头。此时正好遇上蒙毅替始皇祭祀名山大川归来，赵高本对他积怨已久，同时也担心日后蒙氏重新掌握大权，不如索性一网打尽。
于是对胡亥进谗言：“先帝本来早就想选贤立太子，就是因为蒙毅屡次阻止才没有实行。这种不忠惑主的人，不如杀之，永绝后患。”胡亥信以为真，就派人把蒙毅拘留在代地，（今河北蔚县东北）。
在得到扶苏自杀的确切消息后，胡亥、赵高、李斯这才命令车队日夜兼程，迅速返回咸阳。为了继续欺骗臣民，车队不敢捷径回咸阳，而是摆出继续出巡的架势，绕道回咸阳。
由于暑天高温，秦始皇的尸体已经腐烂发臭，一阵阵恶臭从车中传出。为掩人耳目，赵高便命人买来大批鲍鱼将臭味盖住，一行人浩浩荡荡回到了咸阳，这才发丧，公告天下，不久举行了空前隆重的葬礼。
蒙恬内心疑虑，请求复诉。使者把蒙恬交给了官吏，胡亥杀死扶苏后，便想释放蒙恬。但赵高深恐蒙氏再次贵宠用事，对己不利，执意要消灭蒙氏。便散布在立太子问题上，蒙毅曾在始皇面前毁谤胡亥，胡亥于是，又派人前往阳周去杀蒙
恬。
使者对蒙恬说：“你罪过太多，况且蒙毅当死，连坐于你。”蒙恬说：“自我先人直到子孙，为秦国出生入死已有三代。我统领着30万大军，虽然身遭囚禁，我的势力足以背叛。但我知道，我应守义而死。我之所以这样做是不敢辱没先人的教诲，不敢忘记先主的恩情。”
使者说：“我只是受诏来处死你，不敢把将军的话传报皇上。”蒙恬长叹道：“我怎么得罪了上天?竟无罪而被处死?”沉默良久又说：“我的罪过本该受死，起临洮，到辽东筑长城，挖沟渠一万余里，这其间不可能没挖断地脉，这便是我的罪过呀!”于是吞药自杀。
在赵高的怂恿下，胡亥残忍地杀死兄弟姐妹二十余人，十月末，太子胡亥称帝，是为秦二世。赵高官被封郎中令，成为了胡亥最亲信的决策者。从此以后，这对暴君奸臣便在一起制造出了一幕又一幕令人发指的惨剧。貌似强大的秦王朝，也由此分崩离析。
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